Vegetacinė, arba autonominė, nervų sistema reguliuoja vidaus organų veiklą. Ji valdo širdį, kraujagysles, žarnyną, inkstus, įvairias liaukas.Visi šie organai veikia visiškai nepriklausomai nuo sąmoningos žmogaus veiklos. Vegetacinę nervų sistemą sudaro simpatinė nervų sistema, paruošianti organizmą stresinėms situacijoms, kurioms reikia budrumo, ir parasimpatinė sistema.